Also nochmal zur Übersicht:
Du hast deine cms2day Installation mit einem bestimmten Design, welches bei dir im Hauptverzeichnis liegt, und welches aufgerufen wird, wenn man deine Seite öffnet. Dann legst du einen Ordner in deinem Hauptverzeichnis an, z.B. /shop. Dort installierst du dann wie Mario schon sagte den xtcModified Shop, dessen Design du exakt an das von der cms2day Installation, also der Hauptseite anpasst. Wenn du das gemacht hast, hast du 2 individuelle Seiten, die exakt gleich aussehen.
Der nächste Schritt ist dann, dass du in cms2day deine Menüpunkte erstellst, und einen auf den Ordner /shop verklinkst, das gleiche machst du bei deiner Shop-Installation von dem xtxModified Shop, Menüpunkte erstellen aber alle auf die jeweiligen Seiten der cms2day-Installation verlinken.
Das ist die einfachste und vor allem auch sauberste Lösung die für die realisierbar sein könnte. Einfach geht es einfach nicht.
Gruß