Wenn man sich das Thema WYSIWYG Editoren anschaut, wird man feststellen dass fast alle die es da gibt, auf die Formularfelder vom Type "textarea" reagieren, so auch TinyMCE. Erstellst Du nun eine Seite wo 3x das "textarea" Formularfeld verwendet wird und zusätzlich im Backend noch die Variable "wysiwyg=true" aktiv ist, werden diese Textareas durch den Editor ersetzt.
Die Frage ist was Du bei
"Neulich hatte ich in CMS2day mal wieder eine neue Seite erstellt, in die ich javascript codes packen wollte"
getan hast, ich vermute mal eine Seite angelegt mit dem Type "Editor"(würde erklären warum Du 3 x den Editor bekommst denn da ist die oben genannten Variable in der URL aktiv).
Ich würde das nicht als Bug sehen sondern eher als Einzelfall wo mehrere Faktoren unglücklich aufeinander treffen sich aber via einem Code Highlighter leicht umgehen lässt