Ich code da bald sowieso ein Update, bevor die RC als Final rauskommt.
Das ganze ging mir auch schon durch den Kopf - wir werden das etwas umbauen.
In Zukunft wird beim Template einfach ausgelesen, was vorhanden ist - und das wird dann ausgelesen.
Dann kann man a) die CSS/JS Files nennen wie man will und b) gibts keine unnötigen Dateien mehr.