Dein Problem waren nur die 2 Installationen
1 im Root domain.de
1 im Unterverzeichnis domain.de/cms
da gilt waich dir geschrieben hatte
das System funzt vom Root aus, von der inde.php aus und es ist Modrewrite aktiv - und der Pfad zum System domain.de - wenn du im Unterverzeichnis was aufrufen willst, dann bitte ...de/ordner/seite.html
Da du bei beiden ModReWrite laufen hast und domain.de/cms ohne Slash am Ende eingegeben hast, hat er dies als Seite gesucht und in der Install des Roots die 404 ausgegeben.
Hättest du nur die eine Install gehabt, dann hätte es auch funktioniert.